Przeważająca większość terenu Wolińskiego Parku Narodowego, zlokalizowana jest na obszarze Natura 2000 Wolin i Uznam PLH 320019. Duży fragment Parku to Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków – PLB 320002 Delta Świna. Oba tereny charakteryzują się bardzo dużą bioróżnorodności przyrodniczą. Specjalny obszar ochrony swoim zasięgiem obejmuje ramiona Świny wraz z położonymi między nimi wyspami , przybrzeżna strefę