Wody obok lasów to dominujące ekosystemy parku. W północnej części jest to przybrzeżny pas wód Bałtyku a od zachodu delta Świny. Delta Świny – jest to kompleks bagnistych wysp rozdzielonych kanałami o zmiennych kierunkach przepływu oraz różnych poziomach wody, okresowo zalewanych – zwłaszcza w czasie cofki (wlewania się spiętrzonych przez północne wiatry wód Bałtyku do Zalewu Szczecińskiego). We wschodniej części parku w pobliżu Warnowa, znajdują się 4 polodowcowe jeziora: Warnowskie, Rabiąż, Czajcze i Domysłowskie (153 ha). Na uwagę zasługują również położone w obrębie wzniesień morenowych jeziora sztuczne: Turkusowe, Stara Kredownia (koło Wapnicy).
.
