Zgodnie z art.6 i art.8 Dyrektywy Siedliskowej finansowe zobowiązania za utworzenie i utrzymanie sieci Natura 2000 leżą po stronie państw członkowskich. Środki finansowe konieczne do sprawnego funkcjonowania tego programu pochodzą z budżetu państwa oraz dalszych funduszy Unii Europejskiej. Inne źródła pomocy, które mogą być wykorzystane w celu planowania i wykonywania zabiegów ochronnych na tych obszarach